Сюжет берёт своё начало с самого начала аниме.
Странные существа прилетели на планету Земля. Чтобы поддерживать своё существование, им нужно использовать альтернативное "топливо", благодаря которому и живут эти существа. Они использовали некоторых представителей своих расы с именами состоящие из двух латинский букв (все помнят QB?) или же "Инкубаторы".
Ну и если же ты маленькая лоли, то однажды ночью, к тебе придёт существо смесь крысы, белки и неки и предложит тебе заключить контракт. Заключив его, ты сумеешь выполнить своё самое заветное желание. И цена кажется символической - просто стань волшебницей или волшебником и сражайся с ведьмами, которые убивают людей. Благородно и не так сложно - оружие тебе тоже предоставят. Живи, спасая чужие жизни и радуйся исполнившемуся желанию.
Эти «райские» условия предлагает Кьюбей, зверёк, владеющий телепатией. Но он умалчивает о том, что...
Во-первых, желание нарушает равновесие мира, которое, естественно, стремится снова выровняться. Торт не принесёт радости, исцеление обернётся новой, ещё более серьёзной болезнью, а спасенная жизнь всё равно оборвётся. У каждого желания есть свой остаточный эффект, и он порой по-настоящему страшен.
Во-вторых, при заключении контракта душа превращается в Соул Гем (Самоцвет Души) и больше не находится в теле хозяина. Теперь это тело - пустая оболочка для борьбы с ведьмами, скот на убой, расходный материал. А душа… Считайте, что вы взяли её в аренду у нового её хозяина - Кьюбея.
И не сражаться невозможно - Самоцвет Души копит в себе ваше отчаяние, а очистить его можно только Семенем Скорби, тем, что останется от ведьмы после ее гибели.
Зачем очищать? Если отчаяние переполнит вашу душу, она разрушится, превратившись в Семя Скорби, и вот уже вы - ведьма без жалости и памяти.

Все началось с желания... Нет, оно было необычным. Акеми Хомура загадала себе возможность путешествовать из одного мира в другой, чтобы хотя бы в одном спасти подругу. Канаме Мадока стала причиной этого желания и начала нашей истории. Желание Хомуры, быть может, и было эгоистичным, ведь о жизни других волшебниц она не думала. Им всем предстоит умирать и возрождаться снова и снова. В сотнях разных миров...
Каждый участник этой странной борьбы не помнит о прожитом в другом мире совсем ничего. Зато это помнит Хомура, и только ей известно, как тяжело видеть смерти раз за разом. Каждый раз мир может чуть-чуть отличаться от другого, не меняя своей сути. Каждый раз кто-то умирает, не обязательно все...

Это борьба за жизнь, в которой от тебя ничего не зависит. Или это не так?

Если ты хочешь умереть ради Вселенной - просто позови...